由于極性化合物更容易被極性固定相所保留，所以正相色譜系統一般適用于分離極性化合物，極性小的組分先流出。相反，反相色譜系統一般適用于分離非極性或弱極性化合物，極性大的組分先流出。因此在應用上，正相色譜用于分離極性較大的物質，如蛋白質、生物堿等。反相色譜多用于分離極性較小的物質，在流動相的選擇上，反相色譜的優勢更大，在實際工作中反相色譜的應用更為廣泛。

　　正相色譜用的固定相通常為硅膠，以及其他具有極性官能團，如胺基團和氰基團的鍵合相填料。由于硅膠表面的硅羥基或其他團的極性較強，因此，分離的次序是依據樣品中的各組份的極性大小，即極性弱的組份先被沖洗出色譜柱。 

　　反相色譜填料常是以硅膠為基礎，表面鍵合有極性相對較弱的官能團的鍵合相。反相色譜所使用的流動相極性較強，通常為水，緩沖液與甲醇，已腈等混合物。反相色譜填料常是以硅膠為基礎，表面鍵合有極性相對較弱的官能團的鍵合相。反相色譜所使用的流動相極性較強，通常為水，緩沖液與甲醇，已腈等混合物。反相液相色譜柱效高、分離能力強、保留機理清楚，是液相色譜分離模式中使用廣泛的一種，對于生物大分子、蛋白質及酶的分離分析，反相液相色譜正受到越來越多的關注．反相色譜法是表面非極性載體為固定相，以比固定相極性強的溶劑為流動相的一種液相色譜分離模式．反相色譜固定相大多是硅膠表面鍵合疏水基團，基于樣品中的不同組分和疏水基團之間疏水作用的不同而分離．